La posa della prima pietra della struttura religiosa avviene il 13 giugno del 1968 alla presenza di papa Paolo VI; inaugurata il 7 dicembre 1972, è solennemente consacrata dal cardinale vicario di Roma Ugo Poletti il 22 dicembre 1973.
La costruzione della chiesa di Santa Maria di Bonaria scaturisce dagli esiti del concorso indetto nel 1967 dalla “Pontificia Opera per la Preservazione della Fede e la Provvista di nuove chiese in Roma”
La chiesa, che è situata al margine della pineta e fa parte di un più ampio complesso parrocchiale, è stata progettata nel 1978 dall’architetto Ennio Canino.
La progettazione della chiesa di Santa Maria Regina Pacis è preceduta soltanto da quella dell’ospizio marittimo di Marcello Piacentini